Perubahan gugus fungsi yang terjadi pada kappa karaginan murni hasil degradasi dengan nilai bobot molekul terendah pada perlakuan konsentrasi hidrogen peroksida (H2O2) 3%, suhu degradasi 80°C dan waktu degradasi 4 jam diamati dengan analisis Fourier Transform Infrared (FTIR). Hasil identifikasi gugus fungsi kappa karaginan murni hasil degradasi disajikan pada Gambar 4. Hasil analisis FTIR menunjukkan adanya pergeseran panjang gelombang dari ikatan glikosidik pada bilangan gelombang 1066,55 cm-1. Menurut Marseno et al. (2010) bilangan gelombang 1010-1080 cm-1 pada semua polisakarida menunjukkan adanya ikatan glikosidik. Pergeseran panjang gelombang tersebut memperlihatkan keberadaan ikatan glikosidik pada rantai polisakarida kappa karaginan murni hasil degradasi berkurang. Hal ini menandakan bahwa pengaruh perlakuan degradasi berhasil memutus ikatan glikosidik yang ada pada kappa karaginan.